«Корпорация ПАРУС» была основана в 1990 году офицерами запаса, которые занимались разработкой и эксплуатацией автоматизированных систем в информационно-вычислительном центре Главного штаба Военно-Морского Флота. Компания начала свою деятельность с создания программы для автоматизации расчёта заработной платы по заказу Центральной клинической больницы РАН. В 1992 году специалистами компании была создана единая комплексная система для хозрасчётных предприятий.
В 1994 году «ПАРУС» приступил к реализации крупных бюджетных проектов, внедрив единую систему управления финансами учреждений Департамента здравоохранения г. Москвы (автоматизировано более 150 подведомственных организаций). В 1995 году реализован проект по созданию единой системы управления финансами в Генеральной прокуратуре РФ (160 подведомственных структур). Параллельно с этим активно разрабатывается полномасштабная система для управления предприятием. Реализуется первый проект автоматизации управления в коммерческой организации с территориально распределённой структурой (автоматизирована сеть магазинов и удаленных складов торговой компании "Салита").
1996 год ознаменован в истории компании созданием комплексных систем управления на базе клиент-серверных технологий с использованием СУБД ORACLE, предназначенных для крупнейших российских заказчиков. Успешно завершен первый этап внедрения корпоративной системы в компании "Коминефтепродукт". Оборот корпорации «ПАРУС» к этому времени составляет $ 10,5 млн., число сотрудников достигает 600 человек.
Активно развивается партнёрская сеть: в 1997 году у "ПАРУСа" уже 26 региональных отделений в РФ и странах СНГ и 122 дилера. По итогам ежегодного опроса компания вошла в десятку лидеров российских фирм-разработчиков программного обеспечения, а также в десятку лидеров среди консалтинговых фирм.
В 1999 компания выигрывает 18 тендеров на создание систем управления для крупных предприятий. А в 2000 году эксперты отмечают самый большой прирост клиентской базы "Корпорации ПАРУС" на российском корпоративном рынке - появилось более 100 новых корпоративных клиентов, среди которых нефтяные компании (ОАО "ЛУКОЙЛ-Нефтепродукт", ОАО "ТНК"), предприятия военно-промышленного комплекса (ОАО "Туполев", ГНПП "Сплав").
В 2002 году оборот компании превысил $ 20 млн. Корпорация выходит на новый уровень ИТ-проектов в государственном секторе – начинает комплексную информатизацию Эвенкийского автономного округа (ЭАО) путем создания системы управления финансовыми и материальными потоками округа, включающую всех участников бюджетного процесса. В Московской области в рамках областной целевой программы «Территориальная информационная система Московской области 2001-2005 гг.» силами корпорации была построена единая автоматизированная система бухгалтерского учета в органах исполнительной власти (более 30 организаций). В Министерстве образования Московской области «ПАРУС» внедрил систему формирования сводной отчетности, объединившую 137 подведомственных учреждений.
В 2002-2004 гг. были успешно реализован ряд крупных проектов на рынке корпоративных заказчиков – в компаниях «Оренбургнефть», «Карельский окатыш», «Связьинформ», предприятиях «ТНК», Новосибирском оловянном комбинате, Лабинском маслоэкстракционном заводе, СУЭК, «Сибур – Русские шины», «Татойл-Сервис». ............
